Am Schnittpunkt der Straße Sankt Augustin-Buisdorf und der Pleistalstraße, dort, wo die Berge, die die Sieg begleiten, zurücktreten und sich mit den Ausläufern des Siebengebirges vereinigen, liegt Niederpleis.
Seinen Namen hat es vom Pleisbach erhalten. Es ist das Pleisa inferior (das am unteren Bachlauf gelegene Pleis), das ebenso wie seine größere Schwester Pleisa superiore (Oberpleis) in den Urkunden des Bonner Chatulars aus dem 9. Jahrhundert öfter erwähnt wird.

Die ersten Spuren der Besiedlung reichen bis in die jüngere Steinzeit (3000 2000 v. Chr.) zurück. In den Jahren 1905 und 1906 wurden im Niederpleiser Wald Scherben eines Bechers gefunden. Er war durch Eindrücken von Schnüren verziert. Man kann daher annehmen, dass sich damals die sogenannten Schnurkeramiker im Niederpleiser Gebiet aufgehalten haben. Auch für die folgenden Jahrtausende ist durch zahlreiche Bodenfunde die Anwesenheit von Menschen in und um Niederpleis sicher festgestellt. Urnenfelder, Waffen, Werkzeuge und Geräte aus Bronze und Eisen beweisen dies.
Die Kelten verdrängend machten sich etwa um 500 v. Chr. die Germanen hier sesshaft. Sie gehörten einem fränkischen Stamme an. Wann sie zum ersten Mal mit dem Christentum in Berührung gekommen sind, ist nicht festzustellen. Vielleicht war es schon nach der Schlacht bei Zülpich, als Chlodwig, der König des nun vereinten Frankenreiches, sich taufen ließ. Hierauf weist hin, dass St. Martinus Kirchenpatron von Niederpleis ist, der zur Frankenzeit oft als Schutzheiliger genommen wurde. Auch befindet sich in der Niederpleiser Kirche ein uralter Taufstein, wie sie einst üblich waren, als Täuflinge noch untergetaucht wurden. Diese Sitte bestand noch zur Zeit der fränkischen Könige, hat sich aber nachher verloren.

Zur Zeit der Karolinger gehörte Niederpleis zum Auelgau. Durch eine Urkunde vom 04. Oktober 1071 wurde es dann von Kaiser Heinrich IV der Gerichtsbarkeit des Siegburger Abtes unterstellt. Die Schirmvögte der Abtei, die Herzöge von Berg, haben indes nicht unversucht gelassen, die Rechte der Äbte zu beschneiden, bis sie schließlich erreicht hatten, dass Niederpleis als Kirchspiel zum bergischen Amte Blankenberg gehörte. Mit dem Rheinland kam es dann 1815 zu Preußen.
Aufgrund ihres Alters stellt die Kirche St. Martinus für Sankt Augustin etwas Besonderes dar: Der untere Teil des Turmes aus der Mitte des 12. Jahrhunderts ist das älteste Gebäude der Stadt. Das Langhaus wird 1822 bis 1824 neu gebaut. 1906 bis 1908 wird es durch ein Querschiff und den Chor vergrößert. Bereits 1860 ist der Turm um ein Geschoss aufgestockt worden. Die Kirche, der benachbarte Friedhof und die 61 barocken (aus der Zeit von 1570 1750) Grabkreuze stehen unter Denkmalschutz.
Aufschwung erfuhr Niederpleis durch die Inbetriebnahme der Bröltaler Eisenbahn. Niederpleis stellte einen Knotenbahnhof dar. 1862 zunächst als Pferdebahn eingerichtet, diente sie ab 1869 als erste deutsche Schmalspurbahn dem öffentlichen Verkehr. Das Sankt Augustiner Stadtgebiet betrafen folgende Strecken:
1891: Eröffnung Hennef-Beuel
1893: Niederpleis-Oberpleis
1899: Niederpleis Siegburg
Da die Bedeutung der Bahn weit über das Bröltal hinausgeht, wird sie 1921 in Rhein-Sieg-Eisenbahn umbenannt. Zwischen 1951 und 1968 werden nach und nach alle Strecken geschlossen, da sie der Konkurrenz der Straße nicht gewachsen war.
Niederpleis entwickelte sich wie die anderen Ortsteile Sankt Augustins auch zunächst durch die Industrialisierung und später durch die Ernennung der Bundeshauptstadt Bonn konstant bis ins 20. Jahrhundert.
Der Rügerwohnpark mit seinen Hochhäusern aus den 1970er Jahren prägt einen Teil des Ortes. Ein großzügig angelegter Park mit dem sogenannten Monte Quasten, benannt nach dem ehemaligen Stadtdirektor, verbindet diese Häuser mit einer überwiegend aus Einfamilienhäusern bestehenden Bebauung bis hin zum Niederpleiser Dreieck.
An der alten Markstrasse, einem historischen Verkehrsweg, entstand das größte Schulzentrum der Stadt mit Albert-Einstein-Gymnasium, Real- und Hauptschule.
Ein Wahrzeichen dieses Stadtteiles ist die Burg Niederpleis. Die alten Baulichkeiten an der heutigen Langstraße wurden 1872 abgerissen und durch die heute noch bestehenden ersetzt.
Ein weiteres Kleinod für Niederpleis ist die Mühle Niederpleis. Sie beinhaltet eine Aussenstelle des Standesamtes, Büros und ein Restaurant - und das alles idyllisch am Pleisbach gelegen.
An die ehemalige Niederpleiser Tonindustrie erinnert die zwischen Niederpleis und Birlinghoven gelegene Zeche Plato (oder Pleistalwerk), in dem zum Schluss bis 1972 Tonröhren hergestellt wurden.
(Quellen: H.J.R. Uraltes Niederpleis; Stadtarchiv Sankt Augustin)